Stogodišnji hrvatsko-turski rat započeo je Krbavskom bitkom 1493. godine, a završio je točno sto godina kasnije kod Siska. Turci su pod Sisak došli 15. lipnja 1593. godine, nakon čega je krenula mobilizacija vojske koja bi trebala obraniti Zagreb i Sisak. Nakon pobjede kod Siska, kršćanska vojska se počinje pripremati za osvajanje Petrinje, zbog čega se u srpnju 1593. godine u Zagrebu održava savjetovanje vojnih zapovjednika, te se donosi odluka da se krene na Petrinju. Petrinja je bila izuzetno bitna za tursku vojsku, zbog čega se smatralo da bi poraz Turaka kod Petrinje značio konačni kraj turskim osvajanjima ovih prostora. Sljedeće godine, 1594., Turci se polako povlače sa sisačkog područja, a još godinu kasnije gube i Petrinju. Nakon bitke kod Petrinje, 22. rujna 1595. godine, Turci zauvijek prestaju biti prijetnja Zagrebu.
Osim Gradeca i Kaptola, koji su ulagali u vojsku za vrijeme Stogodišnjeg rata, za financiranje su bili zainteresirani i vladari zapadnih zemalja. Naime, smatralo se da bi Turci, ukoliko prođu Zagreb, mogli biti ogromna prijetnja za ostale zemlje. Zbog toga su europski bankari Fuggeri financirali ratove s Turcima. Obitelj Fugger je iz Zagreba dobivala redovita izvješća o kretanju turske vojske, kao i o cjelokupnoj situaciji vojske. Čak je, posredovanjem obitelji Fugger, i papa financirao rat protiv turske vojske, no smatra se da je to bilo daleko nedovoljno za rat koji je trajao točno sto godina.
Kako bi se grad obranio od neprijateljskih napada, u ovom slučaju konkretno turske vojske, za grad je bila iznimno važna vojna organizacija. Jednu od bitnijih uloga u obrani grada imao je – topnik. Topnik je bio stručnjak za oružje, pretežito za topove, a njegova je uloga bila briga o ispravnosti oružja.
Za vrijeme Stogodišnjeg hrvatsko-turskog rata, na zagrebačkom području boravilo je mnogo vojnika, zbog čega je grad u tom periodu imao vojničko obilježje. Uz redovite straže postavljene na gradskim vratima i u kulama, u gradu su boravile i vojničke posade, pa je tako 1553. godine u gradu boravilo 100 njemačkih vojnika i nešto konjanika, a godinu kasnije u gradu je bilo samo 40-ak momaka – Nijemaca i Slovenaca.
Kako je Zagreb bio na putu vojnicima koji su dolazili iz drugih zemalja a koji su išli u smjeru Siska i Petrinje, u okolici grada često je boravilo stotinu, pa čak i tisuće, vojnika. Zabilježeno je da je 1537. godine kralj Ferdinand poslao generala Ivana Katzianera da oslobodi Osijek i istočnu Slavoniju, pa je tako on kraj Zagreba prošao s ogromnom vojskom. Kraj grada je često prolazila, ali i kraj njega boravila, vojska njemačkih, štajerskih, koruških, tirolskih i domaćih banskih četa.
U srpnju 1594. godine krenule su pripreme za zauzimanje Siska i Petrinje, pa je tako u okolici Zagreba bilo čak oko 16.000 vojnika.
Zanimljivo je da je u ljeto 1601. godine kroz Zagreb prošla i velika papinska vojska koju je okupio papa Klement VIII s ciljem oslobađanja Kaniže, ali i ratovanja protiv Turaka u Mađarskoj, Hrvatskoj i Bosni. Vojska je brojala oko 10.000 vojnika, a predvodio ju je papin nećak Ivan Franjo Aldobrandini.
Naravno, uz vojnike, u gradu su boravili i njihovi zapovjednici, pa je tako krajem 20-ih godina 16. stoljeća u organizaciji obrane grada sudjelovao i konjanički kapetan Ljudevit Pekri, koji je bio zapovjednik posade na Gradecu za vrijeme sukoba Zapoljinih i Ferdinandovih pristaša. Krajem 30-ih godina istog stoljeća, zapovjednikom gradske posade i šefom obrane imenovan je Žigmund Weichselberg. Početkom 50-ih godina u Zagrebu je boravio i Ivan Ungnad, inače prvi vrhovni kapetan stalne vojske koju je kralj Ferdinand 1552. godine osnovao za obranu hrvatske i slavonske krajine, a Ungnad je i dobio zadaću da posebnu pažnju posveti baš obrani Zagreba.
Tijekom najveće turske opasnosti krajem 16. stoljeća u Zagrebu je boravio zapovjednik svih četa u Hrvatskoj i Slavoniji – Karlo, markgrof Burgavski, inače sin tirolskog nadvojvode Ferdinanda. Karlo je stigao u ljeto 1592. godine u pratnji tirolskih četa, a svečano su ga u gradu dočekali ban i biskup, dok je u stolnoj crkvi tim povodom priređena svečana misa.
U Zagrebu je postojao problem sukobljavanja njemačke vojske s domaćim vojnicima, zbog čega u ljeto 1593. godine u Zagreb dolazi pukovnik Ruprecht Eggenberg kako bi uveo disciplinu u redove njemačke vojske.
U ljeto 1594. godine u Zagrebu je kratko boravio nadvojvoda Maksimilijan kako bi se stavio na čelo vojske koja se skupila u Turopolju s ciljem da se Turcima oduzmu Sisak i Petrinja.
Kako bi sve bilo u redu, u gradu je često boravila i inspekcija koja je pregledavala granicu, ratnu opremu, topove, streljivo, ali i samo stanje utvrda te na koji način se uzdržava vojska.