Uži teritorij koji je pripadao srednjovjekovnom Kaptolu bio je sa sjeverne strane omeđen Novom Vesi, a s južne strane Vlaškom Vesi, te je tako izgledala cjelokupna slika srednjovjekovnog zagrebačkog crkvenog naselja smještenog s istočne strane potoka Medveščak. Takvo prostorno uređenje Kaptola trajalo je do druge polovice 15. stoljeća kada se slika nešto mijenja. Umjesto starih utvrda koje je krajem 13. stoljeća izgradio Timotej, a koje su kasnije uništili građani Gradeca, podižu se palisadne utvrde na sjeverozapadnom i sjeveroistočnom dijelu Kaptola.
Novoizgrađene zidine obuhvatile su Kaptolsku ulicu do Nove Vesi, a prolazile su s južne strane od jugoistočnog ugla katedrale, do jugozapadne ugaone kule i Tkalče, pa onda obalom Medveščaka prema sjeveru do zidane kule.
U vrijeme podizanja novih utvrda oko Kaptola, pretpostavlja se da je biskup Thuz odlučio podići i posebnu utvrdu oko same katedrale, a postoje naznake da su starije palisadne utvrde postojale prije zidanih koje su ih zamijenile početkom 16. stoljeća.
Osim novih utvrda koje su ulijevale nešto veću sigurnost građanima na Kaptolu, mijenja se i lice područja današnje Opatovine. Naime, na području današnje ulice Opatovina, tržnice Dolac i oko Crkve Sv. Marije, 1477. godine osniva se novo svjetovno naselje koje nosi naziv – Opatovina. Opatovinu je utemeljio Kaptol uz dopuštenje biskupa Thuza, te je podijelio zemljišta u jednake kućne gruntove. Iste godine, 1477., biskup Thuz je dao dopuštenje da se svjetovnjaci nasele i na samom kaptolskom trgu gdje oni grade kuće.
Nakon što krajem 16. i početkom 17. stoljeća nestaje opasnosti od Turaka, Kaptol je otkupio te kuće, srušio ih i proširio trg.
U blizini grada, nešto istočnije, u današnjoj Vlaškoj ulici nalazila se crkva koja je bila posvećena Sv. Antunu Padovanskom, a pripadala je Vlaškoj Vesi. Sv. Antun se u pisanim dokumentima prvi put spominje tek sredinom 14. stoljeća, ali se pretpostavlja da je postojao već u 12. stoljeću i to kao crkva francuskih doseljenika, za koje se pretpostavlja da su bili graditelji prve katedrale. U blizini crkve Sv. Petra nalazila se i jedna bolnica koja je nosila naziv po Sv. Antunu.
Osim naselja koja su se nalazila u samoj blizini Kaptola, poput Vlaške i Nove Vesi te novog naselja Opatovina, Kaptol je bio u posjedu zemljišta koja su se nalazila istočno od grada i potoka Medveščaka i Gračanaca pa sve do Blizneca, Trnave i Dubrave, na jugu do Save, a na sjeveru do Medvednice.