Nakon burnog perioda 16. stoljeća koje je u Zagrebu i Hrvatskoj obilježen Stogodišnjim hrvatsko-turskim ratom, u 17. se stoljeću pojavljuje nešto drugačije lice Zagreba. Pojavom novih gospodarskih prilika, na Kaptolu i Gradecu se počinje naveliko graditi, ali se i obnavljaju stare građevine.
Nakon što je Stogodišnji hrvatsko-turski rat službeno završen, potpisom mira u Karlovcu 1699. godine, a iako su Turci bili na svega 50-ak kilometar od Zagreba, grad se počeo širiti. Na samom početku 18. stoljeća, teritorij između Une i Kupe dolazi pod Kraljevinu Hrvatsku te se podređuje banskoj vlasti.
Sredinom 18. stoljeća – 1745. godine – Marija Terezija obnavlja tri slavonske županije (virovitičku, požešku i srijemsku) te ih sjedinjuje s Hrvatskom. No, Marija Terezija te županije 1756. godine uređuje po mađarskom uzoru, pa tako ona određuje velike župane – a ne ban.
Problem za hrvatsku autonomiju posebno dolazi do izražaja kada veliki dio Slavonije, koji je oslobođen od Turaka, počinju naseljavati strane obitelji koje su naklonjenije Beču, a ne Zagrebu. Također je veliki dio Slavonije, tj. sjeverne Hrvatske, bio pripojen Vojnoj krajini.
Vojna krajina ili Vojna granica naziv je za pogranično područje Habsburške Monarhije koje je na početku bilo organizirano kao obrambeni pojas protiv Osmanlija, da bi poslije preraslo u golemu habsburšku ratnu provinciju. Hrvatsko-slavonska Vojna krajina tvorila je najzapadniji i najstariji dio veće, posve militarizirane regije, koja se protezala od Jadranskog mora do Karpata. U europskoj povijesti poznata je ne samo kao zaseban politički, nego i kao vojnički, gospodarski i društveni fenomen.
Od Vojne krajine 1734. godine stvara se posebna carska zemlja, a 1746. godine preuređena je s potpuno vojničkom upravom, zbog čega ban u njoj nema nikakve ovlasti. Tako postupno banova vlasti, kao i vlast Hrvatskog sabora, sve više počinje slabiti, što je bilo u interesu politike bečkog dvora.