U Zagrebu, ali i Hrvatskoj, 16. stoljeće obilježeno je Stogodišnjim hrvatsko-turskim ratom, a sam kraj stoljeća završio je tako da je s 15. na 16. rujna 1590. godine, tri godine prije konačnog završetka Stogodišnjeg hrvatsko-turskog rata, Zagreb pogodio teški potres koji je srušio čak i Medvedgrad, a neki su to shvatili kao poruku da stoljeće završi rušenjem starog i najavom izgradnje novog doba.
Uz brojne radove na tadašnjem Gradecu, i u vrijeme početka gradnje Crkve sv. Katarine, kapucini polažu temelj svog samostana i samostanske Crkve sv. Marije, smještenih na samom zapadnom rubu Gradeca, danas Gornjeg grada. Samostan je završen oko 1644 godine., a crkva smještena na mjestu nekadašnje srednjovjekovne Marijine kapele, završena oko 1650. godine. Nekadašnju Marijinu kapelu su koristili i kapucini od kad su 1618. godine došli u Zagreb, no onda kreću u izgradnju svog samostana i crkve.
U izgradnji samostana i crkve pomogao im je i Hrvatski sabor, a priloge su davali i građani te plemstvo. Zanimljivo je da je Grgur Tepečić, tadašnji vođa oporbe u borbi za gradsku upravu, kapucinima oporučno ostavio 80 rajnskih forinta i jedan cent ulja, a danas po njemu obližnje stepenice, koje spajaju Gornji grad i Mesničku ulicu, nose ime.
Na samom početku 18. stoljeća – točnije 1706. godine – oboje crkva i samostan stradavaju od požara, pa su tako vjernici financijski potpomagali kapucine dajući im priloge za popravak.
Crkva se gradila u gotičkom stilu, a srušena je kao i samostan na početku 19. stoljeća.
Prilikom rušenja zgrada koje su se nakon samostana i crkve nalazile na tom mjestu, u zidu je pronađen kameni prozor koji je jedini sačuvani građevni ostatak te crkve.
Na prostoru istočno od samostana, 1639. godine remetski pavlini su sagradili svoju kuću gdje je stajala do buduće kuće obitelji Hellenbach. Danas se taj prostor naziva Parkom Bele IV, ili pak Vranicanijeva poljana – po ulici sa sjeverne strane parka.