Nakon utemeljenja biskupije u Zagrebu 1094. godine, kralj Ladislav je biskupu i kanonicima podijelio zemljišta na brežuljku s lijeve strane potoka Medveščaka. Biskup je u toj podijeli dobio uže naseljeno područje (kaptolski trg), odnosno teritorij župnoga utvrđenog grada s Vlaškom ulicom, nenaseljeno zemljište kaptolske ulice, dok su kanonici dobili zemljišta Nove Vesi i jednog dijela Opatovine.
Prve je kanonike, koji su pristigli u Zagreb, imenovao sam kralj Ladislav, nakon čega se ta uloga prebacuje na biskupa, a kasnije (polovicom 13. i 14. stoljeća) na pape i kraljeve.
U to je vrijeme svjetovnu vlast na Kaptolu imao samo biskup – kao vlasnik jedinoga naseljenog prostora, pogotovo kada je od 12. stoljeća imao i povlasticu da samo on može suditi podanicima svoga grada.
Kanonici su, kao kaptolska zajednica, postali sudionicima teritorijalne vlasti na kaptolskom teritoriju te kada su se njihova stara zemljišta (Nova Ves i Opatovina) počela naseljavati od 14. stoljeća nadalje. Tada su kanonici već odavno bili vlasnicima i zemljišta kaptolske ulice, a darovao im ga je biskup Stjepan II 1227. godine, zajedno s ribnjakom i okolnim zgradama, kako bi na njemu podigli kanoničke kurije, te se okupe oko katedrale.
Cilj je bio da se tako započne s naseljavanjem kaptolske (kanoničke) ulice, no to je započelo tek krajem 13. i u 14. stoljeću.
Na području kaptolskog teritorija, uz biskupa najvažniju ulogu imaju kanonici. Prvi pristižu u Zagreb, odmah nakon utemeljenja biskupije, kao biskupovi pomoćnici, te se utemeljuje i njihov zbor – Kaptol – kao savjetujuće vijeće biskupa.
No, kanonici nisu bili organizacijski jaki, te nisu imali niti većeg utjecaja i odlučujuće riječi na Kaptolu. Prevlast je imao biskup koji je kanonike, barem u početku, često imenovao sam i po svojoj volji. S vremenom, njihova zajednica, Kaptol, kao štićenica ugarskih kraljeva i zahvaljujući gospodarskom jačanju i važnim javnim dužnostima, razvija se u ugledno i utjecajno tijelo.
Zbog tih svojih prava i nazora, često su dolazili u oštre sukobe sa svojim poglavarima, te dolazi do čestih sporova i neslaganja između njih i biskupa. Kaptol je obično bio na kraljevoj, a biskup na strani opozicije protiv kralja.
U građanskom ratu, koji je izbio oko 1220. godine, a koji se vodio između kralja Andrije II i njegova sina Bele, biskup Stjepan I i Kaptol su se našli na suprotnim stranama. Biskup Stjepan I je bio na strani kralja, a Kaptol uz kraljeva sina.
Tada dolazi do većeg sukoba te kanonici biskupa optužuju kod samog pape – tvrdili su da je počinio ubojstva, napadao kanonike, zapalio stolnu crkvu i obavljao biskupske dužnosti iako je bio izopćen iz crkve. Te su optužbe očito upalile, te je biskup bio osuđen i maknut s biskupske stolice.
Ni za vrijeme njegova nasljednika, Stjepana II, koji je kanonicima bio prividno naklonjen, i koji je osnovao još jedan kaptol u Čazmi 1232. godine, biskupsko-kaptolski odnosi se ne popravljaju.
Stjepan II Kaptolu preotima njegove najvrjednije posjede, poput Varaždinskih toplica, Vugre i Zeline, u zamjenu za neznatna bezvrijedna imanja.
I u razvijenijem vijeku nastavljaju se neprijateljstva i sukobi između biskupa i kanonika, a uzroci su najčešće bili političke i gospodarske naravi.
Kaptol, zbor kanonika, razvija se u važan dio crkvene uprave, a već krajem 12. stoljeća (vjerojatno i ranije), broji 32 člana. Organizacija je bila planska i čvrsta, a nosioci određenih zvanja imali su točno određene upravne i crkvene dužnosti. Najugledniji je bio kanonik prepozit – predsjednik zbora – otprilike kao što će kasnije biti sudac u gradskom vijeću.