Srednjovjekovni Kaptol se teško nosio sa sličnim problemima koje su mučili i njihove zapadne susjede, smještene na gradečkom brdu. Iako je kaptolska orijentacija bila crkvena, tu je bilo mnogo nemoralnog života, razbojništva i pljački, čak i slučajeva gdje su zlodjela činili kanonici.
Kanonici su živjeli u svojim kurijama gdje su nerijetko držali i krčme u koje su zalazili svjetovnjaci, skitnice, pa i žene sumnjiva morala, a takva su mjesta bila i izvorište mnogih tučnjava i zločina.
Još je krajem 13. stoljeća dominikanac Augustin Kažotić, tada budući zagrebački biskup, strogo osudio običaje zagrebačkog svećenstva žaleći se na to da bi oni “morali vršiti djela Kristova, a ne se truditi oko usluga đavolu”. Zbog brojnih problema, Kaptol 1484. godine donosi odluku da sumnjive žene i skitnice više ne smiju zalaziti i noćiti u kanoničkim dvorima.
Svećenstvo se sve više počinje odmicati od crkvenog pečata, pogotovo od 14. stoljeća, kada se počinju baviti trgovinom, ali i lihvarenjem, što je uvelike rušilo ugled crkve.
Određeni kanonici nisu previše marili o svom ugledu, kao ni biskupi, te se rađaju brojni sukobi između kanonika, kao i između biskupa i kanonika, a obračuni su žestoki. Razlozi za sukobe su bili različiti, od općenite međusobne netrpeljivosti, do najčešćih razloga koji su uglavnom bili gospodarske i političke prirode. Politički sukobi su bili kada bi biskupi u dinastijskim borbama pristajali uz jednu, a kanonici uz drugu stranu. Gospodarski sukobi su bili vezani uz borbe oko posjeda ili pravo na prihode s određenih posjeda.
Krajem 13. stoljeća biskup Ivan, koji je u borbi za prijestolje koja se vodila između Andrije III i Karla Martela, stao na stranu Karla Martela, pa je tako progonio kanonike koji su bili uz Andriju.
Krajem 14. stoljeća sukobi između biskupa i kanonika su bili više gospodarski, kada su jedni optuživali druge zbog povrede vlasništva posjeda i prihoda vezanih uz iste, a duge su se parnice, uz goleme troškove, vodile čak i pred kraljevskim sudom, kao i pred sudom na rimskom dvoru.
Kasnije, u 15. stoljeću, biskupi su vodili sporove s ostalim svećenstvom zbog zemljišnih dobara. 1476. godine biskup Thuz je oteo dominikancima dva posjeda zbog čega se oni upuštaju u dugotrajnu parnicu s njim, kao i 1481. godine kada isti biskup vodi parničku bitku s prebendarskim zborom zbog preotimanja oranica i pašnjaka u vlaškouličkom kotaru.