Period 16. stoljeća na zagrebačkom području obilježen je uglavnom negativnim događanjima koja su imala izrazito loš utjecaj na stanovnike Zagreba. Zagreb je trpio brojne udarce zbog građanskog rata između Zapoljinih i Ferdinandovih pristaša koji su se borili za prijestolje, zatim je grad već početkom stoljeća udario i veliki potres, a cijelo vrijeme je gradu prijetila i turska opasnost.
Godine 1541. istočna Slavonija i Srijem su proglašeni turskim pašalukom, a dvije godine kasnije u turske ruke pada i Pakrac. Turci svoje prodore nastavljaju prema zapadu pa tako dolaze do Koprivnice, Križevaca i – Zagreba.
Zagrepčani su napad očekivali 1545. godine kada su početkom svibnja Turci s više od 7.000 vojnika provalili preko Ivanića prema Varaždinu, a kasnije su preuzeli Moslavinu i približili se Zagrebu na svega 60-ak kilometara. Za to vrijeme u Zagrebu raste veliki strah i nemir među stanovništvom, pogotovo na brdu Gradec jer su imali informaciju da Turci namjeravaju zauzeti njihov grad, zbog čega gradski sudac Bogdan traži pomoć od kranjskog kapetana Ivana Verneka.
Sljedeće godine, 1546., Turci prelaze rijeku Savu i provaljuju u sve one slobodne dijelove Slavonije, te je sve izgledniji udar na Zagreb, koji se na kraju ne događa jer Turci staju samo na pustošenju zagrebačkog kraja. U ljeto 1547. godine banu Zrinskom u Zagreb stižu vijesti kako je bosanski paša Ulambeg donio odluku o napadanju Siska, a zatim i Zagreba. No, iste se godine potpisuje petogodišnje primirje koje donosi nešto mirnije razdoblje, iako Turci nastavljaju s pljačkanjem i ubijanjem hrvatskih krajeva.
Iste te godine, u Zagrebu se na banove molbe sastaje posebna komisija koja je trebala pregledati stanje utvrda na Kaptolu i Gradecu, te predlaže da se Zagreb mora bolje utvrditi. Dio utvrda se morao popraviti a dio ponovno izgraditi. Tom je prigodom Kaptol uputio komisiji prijedlog o osiguravanju utvrde Sisak, s obrazloženjem da je riječ o jako važnoj točki u obrani cijelog ovog kraja, no komisija nije uvažila taj prijedlog.
Kroz godine, Zagreb je bio najugroženiji s jugoistočne strane, a 1556. godine pada Kostajnica, nakon čega Turci polako koračaju prema Zagrebu. Krajem kolovoza iste godine Baltazar Katzianer javlja kranjskim staležnicima da su Turci došli skroz pod Zagreb, no nakon što su napravili nešto štete, produžili su prema Samoboru.
Cijeli slobodni teritorij Hrvatske i Slavonije bio je u konstantnoj opasnosti, kao i Zagreb, pa se Hrvatski sabor početkom 1557. godine sastaje u Zagrebu kako bi ponovno vijećao o strategiji obrane te upozorio kralja na opasnost od Turaka.
Posebno je zanimljiv zapis kralju Ferdinandu ne samo zato što navodi teške prilike u kojima se nalazio Zagreb, već zato što je prvi put u nekom državnom spisu nazvan glavnim gradom, metropolom Hrvatske i Slavonije. To čak i ne iznenađuje previše jer je Zagreb i prije tog vremena imao ulogu glavnog grada zbog svog zemljopisnog i strateškog položaja, kao i sjedišta biskupije i županije. U to je vrijeme u Zagrebu bio dosta razvijen upravni i politički život, a njegova uloga u tadašnjoj državi će samo rasti.