Nakon burnog perioda 16. stoljeća koje je u Zagrebu i Hrvatskoj obilježen Stogodišnjim hrvatsko-turskim ratom, u 17. se stoljeću pojavljuje nešto drugačije lice Zagreba. Pojavom novih gospodarskih prilika, na Kaptolu i Gradecu se počinje naveliko graditi, ali se i obnavljaju stare građevine.
Osim na Gradecu, gradilo se i na Kaptolu. Kaptol je zadržao svoj srednjovjekovni tlocrt koji je bio obnovljen pojedinačnim baroknim kurijama i drugim objektima koji su se nalazili unutar granica. Cijelim teritorijem Kaptola dominirala je stolna crkva koja je iz prošlih vremena vukla za sobom teška oštećenja.
Prilikom građanskog rata između Ferdinanda i Zapolje u 16. stoljeću, crkvu su njemački i španjolski vojnici teško oštetili srušivši zvonike i spalivši krov.
Kako je Kaptol bio u teškoj financijskoj situaciji, popravak i sama obnova stolne crkve trajala je puno duže nego što je trebala. Da stvar bude još gora, početak 17. stoljeća nije bio ništa blaži prema ovoj najpoznatijoj građevini Kaptola. Naime, na samom početku stoljeća, 1624. godine, u stolnu crkvu je udario grom izazvavši požar koji je uništio krov i spalio svod nad svetištem. U narednim se desetljećima postupno obnavljala.
I situacija van granica Kaptola nije doživjela veće promjene. Tako se na području Nove vesi (sjeverno od Kaptola) nastavlja uobičajeni život za te prostore, kao i na području Vlaške ulice (južno od Kaptola).
Tek se obrisi područja oko potoka Medveščak postupno počinju mijenjati. Lijeva obala potoka (na području današnje Tkalče) postupno se počela naseljavati. Teritorij pod biskupskim dvorom u današnjoj Vlaškoj ulici kod sv. Martina 1640-ih godina se također počinje naseljavati. Na tom su prostoru nekada bili biskupski vrtovi, a od 1641. godine počinje ga naseljavati biskup Benedikt Vinković.