Srednjovjekovni Zagreb je prolazio kroz brojne nedaće, a osim krvavih borbi koje su vodili susjedni Kaptol i Gradec, opasnosti od Turaka, te brojnih borbi oko vlasništva nad posjedima, u gradu se nastanila i bolest. Već početkom 13. stoljeća na širem zagrebačkom području se javlja guba, i to jugoistočno od grada, kod Oborova na Savi.
Zagreb je nekoliko puta stradao od kuge u periodu 14. i 15. stoljeća, a u nekim se natpisima spominje kao da je bila vječna. Kako bi se zavjetovao, Gradec je 1499. godine na sjeverozapadnom ugla Markove crkve sagradio kapelicu Sv. Fabijanu i Sebastijanu, zaštitnicima protiv te bolesti.
Uz bolest, prisutna je bila i opasnost od Turaka. Kada je 1463. godine Bosna pala u ruke Turaka, granice Osmanlijskog carstva su se opasno približile Hrvatskoj, te opasnost od invazije turskih osvajača sve više raste.
Turci su svoja osvajanja temeljili na brzim konjima koji su upadali u sela, naselja i gradove, gdje plijene, pustoše, pljačkaju, a stanovništvo odvode u ropstvo. Zagrebu se opasno približavaju 1469. godine kada provaljuju u susjedne prekosavske nizine gdje pustoše i pale sela, te prijete prelaženjem preko Save.
Zastrašeni seljaci, koji su živjeli na području Zagrebačkog polja, bježali su noću u smjeru utvrđenog grada kako bi se zaštitili. U toj se nevolji čak i Kaptol obraća Gradecu u nadi da ih zaštiti unutar svojih zidina. Kaptol je tako građanima Gradeca oprostio sva nasilja i paleži, te ukida odredbu da njihovi sinovi do četvrtog koljena ne mogu postići crkvene časti. Također, u strahu od Turaka, Kaptol daje pravo Gradecu da na godišnjem Markovu sajmu mogu ubirati placovinu i filjarštinu, te obećaje da im neće biti naplaćivana roba koja se doprema iz inozemstva. Za vrijeme pomirbe, kanonici se skrivaju u Gradec sa sobom donoseći sve svoje dragocjenosti, te se zajednički s Gradecom spremaju za obranu od Turaka.
Prvenstvena namjera Turaka je bilo opljačkati Kaptol, stolnu crkvu i njihovo blago, od čega odustaju jer ih je navodno u tome zaustavila nabujala Sava.
Postoji i jedna urbana legenda koja povezuje Turke i kulu Lotrščak, a glasi ovako: Bilo je točno podne kada su Turci bili nadomak Zagreba, tek preko rijeke Save, kada je paša očekivao svoj ručak – pijetla. Kuhar je laganim korakom nosio tu deliciju na već pripremljeni stol u turskom taboru, kad ono – BUM! Pucanj iz Gričkog topa uništio je ručak paši, što je izbezumilo Turke i natjeralo ih na bijeg. Prema toj legendi, to je razlog zašto se svaki dan u Zagrebu oglasi Grički top točno u podne.
Turci su nakon te neuspješne opsade u nekoliko navrata opet bili u blizini zagrebačke granice. 1471. godine su provalili u Slavoniju, 1474. i 1476. godine su opustošili i spalili velik dio Zagorja, 1483. godine su bili u Turopolju, godinu kasnije opljačkali remetski samostan, a 1491. godine spalili većinu kuća u okolici Zagreba i njihovo stanovništvo odveli u ropstvo. Par godina kasnije, 1494. godine, opet se približavaju prema Zagrebu, ali preusmjeravaju svoju putanju i odlaze prema Zagorju i Samoboru.