U Zagrebu, ali i Hrvatskoj, 16. stoljeće obilježeno je Stogodišnjim hrvatsko-turskim ratom, a sam kraj stoljeća završio je tako da je s 15. na 16. rujna 1590. godine, tri godine prije konačnog završetka Stogodišnjeg hrvatsko-turskog rata, Zagreb pogodio teški potres koji je srušio čak i Medvedgrad, a neki su to shvatili kao poruku da stoljeće završi rušenjem starog i najavom izgradnje novog doba.
Osim na Gradecu, i na Kaptolu se dižu nove i obnavljaju stare i teško oštećene građevine. Tijekom cijelog razdoblja 17. stoljeća vršeni su mnogi graditeljski poslovi, a pogotovo nakon teških požara koji su pogodili grad 1624., 1645. i 1674. godine. U sklopu građevinskih radova tako se proširivao biskupski dvori, radilo se na dijelovima stolne crkve, kao i na kaptolskoj vijećnici i kanoničkim kurijama te na franjevačkom samostanu.
U drugoj polovici 17. stoljeća na spoju današnje Vlaške i Palmotićeve ulice, sagrađena je mala Crkvica sv. Martina. Dao ju je sagraditi biskup Martin Borković na mjestu srednjovjekovnog dominikanskog samostana i samostanske Crkve sv. Nikole. Početkom 19. stoljeća crkva se ugrađuje u zgradu nekadašnjeg biskupskog sirotišta – orfanotrofij.
Danas je s ulice vidljivo samo pročelje s malim biskupskim tornjićem. Detalji s pročelja potječu iz 18. i 19. stoljeća, a u unutrašnjosti je ugrađena nadgrobna ploča hrvatskog plemića Radoslava de Gara.
Adaptacija je izvedena 1820. godine. Na mjestu hospitala, istočno od kapele, 1827. godine izgrađen je orfanotrofij. Janko Holjac 1906. godine produžuje crkvu prema jugu i dodaje joj poligonalnu apsidu.
Danas ova građevina pripada zaštićenim kulturnim dobrima grada Zagreba.
U Vlaškoj ulici, na mjestu nekadašnje srednjovjekovne župne Crkve sv. Antuna, koju su zbog trošnosti srušili početkom 17. stoljeća, gradi se nova crkva – Crkva sv. Petra. Crkva je sagrađena oko 1622. godine, a 80-ih godina 17. stoljeća proširio ju je biskup Borković. Svetište je tada bilo nadsvođeno, dok se u lađi nalazio drveni rezbareni strop.
U nekim novijim vremenima (period 19.-20. stoljeće), crkva se temeljito obnavljala, zbog čega do današnjeg dana nije sačuvala svoj izvorni oblik u vidu arhitekture interijera i eksterijera.
Najveće promjene Crkva sv. Petra je doživjela u periodu od 1751. i 1770., i 1857. godine, kada je restaurirana u novoromantičkom stilu.
U periodu 17. stoljeća u Zagrebu su postojale dvije Kapelice sv. Roka.
Prva koju ćemo spomenuti je kapelica za koju se pretpostavlja da je izgrađena u 17. stoljeću a koja se nalazila iznad Ribnjaka. Kapelica je prvi put spomenuta 1678. godine, a poznato je da je bila zidana i imala je mali toranj. Krajem 18. stoljeća – 1793. godine – posebna komisija je donijela odluku da se kapelica mora srušiti kako bi se građa mogla iskoristiti za gradnju bolnice na tadašnjoj Harmici – danas Trg bana Josipa Jelačića.
Druga Kapelica sv. Roka se nalazila na istočnom dijelu grada, negdje na području župe sv. Petra na Lašćini. I za tu se kapelicu pretpostavlja da je izgrađena u periodu 17. stoljeća, i to zavjetnom gradnjom prigodom haranja kuge zagrebačkim područjem. Poznato je da je imala tri oltara, a srušena je u 18. stoljeću kako bi se građa iskoristila za gradnju nove župne Crkve sv. Petra.