Botanički vrt, u vrijeme osnutka 1889. godine zajedno s Botaničko-fiziološkim zavodom, pripadao je Matematičko-prirodoslovnom odjelu Mudroslovnog (Filozofskog) fakulteta, a 1946. godine je, zajedno s Botaničkim zavodom u sklopu Biološkog odjela, postao dio Prirodoslovno-matematičkog fakulteta, koji je osnovan iste te godine.
Zahvaljujući svojoj obrazovnoj, kulturno-povijesnoj i turističkoj vrijednosti, te sveukupnog značaja za Zagreb i Hrvatsku, 1971. godine je zakonom zaštićen kao spomenik prirode i kulture.
Djelatnici Botaničkog vrta posvećeni su istraživanju, uzgoju i zaštiti hrvatskih autohtonih biljaka te informiranju i ekološkom obrazovanju, kako studenata i učenika, tako i svih ostalih posjetitelja vrta.