Među najobrazovanijim stanovnicima Zagreba u periodu ratnog 16. stoljeća svakako su bili baš liječnici i ljekarnici, a iako ih se jako malo spominje u to doba, svakako ih je bilo više s obzirom na potrebe za tom djelatnosti u gradu. Prema nekim zapisima, navodno su i na Kaptolu i na Gradecu bila dvojica liječnika. Na Kaptolu je jedan bio na početku 16. stoljeća, a drugi na kraju 16. i početku 17. stoljeća. Prvi liječnik bio je zagrebački kanonik, a drugi je bio stranac iz Bečkog Novog Mesta.
U Zagrebu se sve više razvija potreba za upoznavanjem s medicinskom strukom, pa je tako Kaptol svoje ljude slao na medicinska učilišta u Italiju, te se opskrbljivao bogatom stručnom literaturom.
No, osim Stogodišnjeg hrvatsko-turskog rata koji je ostavio brojne ožiljke na život u Zagrebu, u 16. stoljeću pojavila se i kuga. Kuga se javila čak nekoliko puta, i to 1511., 1542., 1599. i 1600. godine.
Najjače je kuga “udarila” na samom kraju stoljeća – 1599. i 1600. godine. O toj bolesti se pričalo da je tako bjesnila da su građani odjeveni u crno molili u svojim kućama dok su čekali na smrt. Gradski je redar s kolima obilazio ulice, iz kuća iznosio mrtvace, i vozio ih na ukop.
Kuga je ubila i gradskog suca Martina od Koprivnice, a Hrvatski sabor je u tim teškim danima donio neke zaključke i odredbe u vezi zaštite od kuge, pa je tako preporučio zagrebačkom Kaptolu da se što prije pobrine za dobra liječnika i ljekarnika.
Zbog kuge, Sabor se održao van Zagreba, i to u Krapini i Sv. Križu Začretju. Na Saboru u Krapini, u lipnju 1600. godine, spominje se kuga koja hara Gradecom i drugim okolnim mjestima, pa se tako donose preporuke kako bi se suzbilo širenje ove smrtonosne bolesti.
Pretpostavlja se da je u siječnju 1601. godine kuga nestala jer se Sabor opet sastao u Zagrebu.