U Zagrebu, ali i Hrvatskoj, 16. stoljeće obilježeno je Stogodišnjim hrvatsko-turskim ratom, a sam kraj stoljeća završio je tako da je s 15. na 16. rujna 1590. godine, tri godine prije konačnog završetka Stogodišnjeg hrvatsko-turskog rata, Zagreb pogodio teški potres koji je srušio čak i Medvedgrad, a neki su to shvatili kao poruku da stoljeće završi rušenjem starog i najavom izgradnje novog doba.
Osim na Gradecu, i na Kaptolu se dižu nove i obnavljaju stare i teško oštećene građevine. Tijekom cijelog razdoblja 17. stoljeća vršeni su mnogi graditeljski poslovi, a pogotovo nakon teških požara koji su pogodili grad 1624., 1645. i 1674. godine. U sklopu građevinskih radova tako se proširivao biskupski dvori, radilo se na dijelovima stolne crkve, kao i na kaptolskoj vijećnici i kanoničkim kurijama te na franjevačkom samostanu.
U drugoj polovici 17. stoljeća na spoju današnje Vlaške i Palmotićeve ulice, sagrađena je mala Crkvica sv. Martina. Dao ju je sagraditi biskup Martin Borković na mjestu srednjovjekovnog dominikanskog samostana i samostanske Crkve sv. Nikole. Početkom 19. stoljeća crkva se ugrađuje u zgradu nekadašnjeg biskupskog sirotišta – orfanotrofij.
Danas je s ulice vidljivo samo pročelje s malim biskupskim tornjićem. Detalji s pročelja potječu iz 18. i 19. stoljeća, a u unutrašnjosti je ugrađena nadgrobna ploča hrvatskog plemića Radoslava de Gara.
Adaptacija je izvedena 1820. godine. Na mjestu hospitala, istočno od kapele, 1827. godine izgrađen je orfanotrofij. Janko Holjac 1906. godine produžuje crkvu prema jugu i dodaje joj poligonalnu apsidu.
Danas ova građevina pripada zaštićenim kulturnim dobrima grada Zagreba.