U Zagrebu, ali i Hrvatskoj, 16. stoljeće obilježeno je Stogodišnjim hrvatsko-turskim ratom, a sam kraj stoljeća završio je tako da je s 15. na 16. rujna 1590. godine, tri godine prije konačnog završetka Stogodišnjeg hrvatsko-turskog rata, Zagreb pogodio teški potres koji je srušio čak i Medvedgrad, a neki su to shvatili kao poruku da stoljeće završi rušenjem starog i najavom izgradnje novog doba.
Stolna crkva na Kaptolu 17. stoljeće dočekala je oštećena zbog teškog građanskog rata koji se dogodio na području Zagreba na početku 16. stoljeća. Na stolnoj crkvi oštećeni su bili zvonici, kao i pročelje i sam portal. No, ulazak u novo stoljeće nije bio ništa bolji. Naime, crkva često stradava od strane vatre, kiše i snijega, a popravci su se zbog nedostatka novca konstantno odgađali.
Nakon što je jednom prilikom propao krov, urušio se cijeli crkveni svod pri čemu su oštećeni zidovi i ostatak unutrašnjosti crkve.
Tek 30-ih godina 17. stoljeća počinju se raditi opsežni radovi na stolnoj crkvi – prvi na rasporedu su bili zidovi i krov. U tom je periodu stolna crkva dobila novi barokni toranj i novu proširenu sakristiju. No, prva nesreća pogodila je stolnu crkvu već 1624. godine kada je izbio požar nakon udara groma. Nakon tog požara, crkva je dobila novi zidani toranj (Albertalov toranj), a novi se zvonik završio 1644. godine (10 godina nakon početka radova).
Već nekoliko godina kasnije, 1645. godine, crkva stradava u novom velikom požaru koji je uništio krov, zidove i zvonik, pa je tako godinu dana crkva bila nepokrivena. Trebale su 3 godine kako bi se uklonile štete.
Tek sredinom 17. stoljeća – 1650. godine – radovi su gotovi. Stolna crkva je napokon bila pokrivena a sva šteta učinjena elementarnim nepogodama – sanirana. 15 godina kasnije – 1665. godine – crkva se pokriva crijepom.
Osim na vanjskim dijelovima, obavljeni su radovi i na samoj sakristiji stolne crkve. Prema ugovoru potpisanom 19. srpnja 1676. godine, novi dio sakristije je trebao bit izgrađen od kamena donesenog iz kaptolskog kamenoloma. No, nije poznato da li su se izvršili svi radovi iz tog ugovora jer je u vrijeme biskupa Alagovića prigrađeni dio sakristije srušen i sagrađen je novi.