U Zagrebu, ali i Hrvatskoj, 16. stoljeće obilježeno je Stogodišnjim hrvatsko-turskim ratom, a sam kraj stoljeća završio je tako da je s 15. na 16. rujna 1590. godine, tri godine prije konačnog završetka Stogodišnjeg hrvatsko-turskog rata, Zagreb pogodio teški potres koji je srušio čak i Medvedgrad, a neki su to shvatili kao poruku da stoljeće završi rušenjem starog i najavom izgradnje novog doba.
Naravno, brige iz 16. stoljeća nisu nestale samo tako, pa tako Zagreb u novom stoljeću nije bio pošteđen novih požara, potresa i kuge, kao i još uvijek prisutne turske opasnosti, unatoč sklopljenom miru.
Uz prirodne nepogode i ratne neprilike, u Zagrebu se vodila velika borba protiv protestantizma kojom su vladajući krugovi htjeli učvrstiti Katoličku crkvu, kao i suzbiti širenje slobodnih svjetovnih ideja renesanse. Protestantizam se na ovim područjima pojavio već u 16. stoljeću, tako da je u Zagrebu bilo protestanata, iako se Hrvatska, zajedno s Katoličkom crkvom, čvrsto protivila drugoj religiji na “domaćem terenu”.
Iako su Hrvatski sabor i Katolička crkva snažno stali protiv protestantizma, a Hrvatski sabor čak donio odluku o tome kako je katolička vjera jedina dopuštena vjera u Hrvatskoj, početkom 17. stoljeća u Zagrebu je bilo dosta stanovnika koji su bili naklonjeni protestantizmu.
Osim biskupa Šimuna Bratulića i bana grofa Tome Erdodyja, najvatreniji borci za katoličku vjeru bili su isusovci, koje je u Hrvatsku doveo baš biskup Bratulić. Zastupnici općine na Gradecu su na poticaj biskupa zamolili isusovce da dođu u Zagreb i tamo se stalno nastane, te da provedu protureformaciju. Samim isusovcima to nije predstavljao veliki problem jer su i sami bili zabrinuti zbog širenja druge vjere, pa se tako nastanjuju u Zagrebu krajem 1606. godine te počinju sa svojom zadaćom.
Isusovci su u sklopu provođenja protureformacije poučavali o katoličkoj vjeri te su organizirali predavanja i propagandne predstave o velikim blagdanima. Stanovništvo ih je oduševljeno pratilo, a bili su zaneseni raskošima i svim novostima koje su uvodili isusovci.
Protureformacija je proces u Katoličkoj crkvi, koji je suštinski vezan uz vrlo dugotrajni i dalekosežni Tridentinski koncil (1545. – 1563.) – riječ je o odgovoru na teološke i ekleziološke izazove što ih je postavila Reformacija. Na ovom je saboru potvrđen nauk Katoličke crkve o spasenju, sakramentima, biblijskom kanonu, a nakon njega ujednačen je način slavljenja mise u cijeloj Crkvi. Reformacija je vjerski i društveni pokret koji je nastao u Europi tijekom 16. stoljeća. Bio je to pokušaj unošenja duhovnih i strukturalnih promjena u Crkvu što je dovelo do uspostave Reformiranog kršćanstva.
S početkom 17. stoljeća – 1618. godine – Zagreb u isusovačkoj Crkvi sv. Katarine ima svoj znameniti Marijin čudotvorni kip kakav se nalazio i u Remetama – tada u okolici Zagreba.
U periodu učvršćivanja katoličke vjere u 17. stoljeću, javlja se spaljivanje vještica koje je bilo iznimno rašireno, a ljudima je bilo sasvim normalno spaliti “vješticu” jer su one “sklapale ugovore s vragom”.
Još jedno obilježje religijskog života u 17. stoljeću je – darivanje. Naime, crkve i redovi su se darivali pokretninama i nekretninama, a u darivanju se ističe – očekivano – aristokracija, no ima tu i običnih građana. Najviše su se darivale Crkve sv. Katarine i Ksavera, a kao najpoznatiji darivatelji spominju se ban grof Nikola Erdody i Helena Patačić, inače žena podžupana Ivana Ručića.
Zbog religijske situacije u Zagrebu i intenzivnog rada na jačanju Katoličke crkve, protestantizam je počeo slabiti, pa su tako pojedince, koji su ustrajali u svom uvjerenju, isusovci s vremenom obratili. Cilj je bio Zagrebu pridati čisti katolički karakter.