Jedno od najtežih perioda zagrebačke povijesti svakako je bilo 16. stoljeća, a razlog tomu je bila opasnost od Turaka koji su se približavali gradu, pa sve do unutarnjih problema: dinastičke borbe, građanski rat i tradicionalni sukobi unutar samog grada. Stanovnici Zagreba su imali velikih briga oko održavanja utvrda, ratnih davanja te međugrađanskog nasilja, ali grad nije bio lišen niti kuge, poplava i potresa.
U državi su postojale dvije stranke – dvorska stranaka i narodna stranka. Dvorska stranka je držala stajalište da se Ugarska zajedno s Hrvatskom i Slavonijom ne može sama braniti protiv neprijateljske sile, točnije – od Turske, zbog čega se više oslanja na inozemstvo i zapadne zemlje. CIlj dvorske stranke je bio na prijestolje dovesti austrijskog nadvojvodu Ferdinanda.
S druge strane, narodna stranka, koju je predvodio najbogatiji mađarski velikaš Ivan Zapolja, bila je stava da stranac ne može biti izabran za ugarsko-hrvatskog kralja, a uz Zapolju je bila gotovo čitava Mađarska i Slavonija. Uz dvorsku stranku, i izbor Ferdinanda, bili su pojedini mađarski i slavonski velikaši, te cijela Hrvatska između Kupe i Jadranskog mora.
U sukobu vojske dvije stranke, Zapolja je potučen 27. rujna 1527. godine kod Tokaja, kada stradava vođa njegove stranke Krsto Frankopan. Nakon te bitke izgledi za uspjeh Zapolje su u potpunosti nestali, zbog čega je mađarsko i slavonsko plemstvo okrunilo Ferdinanda za kralja. Proglašavanjem Ferdinanda kraljem tek privremeno prestaje građanski rat.
Godinu dana nakon bitke kod Tokaja između pristaša Ferdinanda i Zapolje, Zapolja sklapa savez s Turcima i vraća se u zemlju gdje njegovi pristaše staju opet uz njega, te se nastavljaju borbe. Novi vođa Zapoljine stranke postaje zagrebački biskup Šimun Erdody.
Zagreb, kao glavni grad i sjedište biskupije još od 1094. godine, postaje središte najvećih borbi za prijestolje. Kako je bilo za očekivati, stanovništvo se dijeli u dva tabora – s jedne je strane bio Gradec koji je bio uz Ferdinanda, dok je Kaptol bio uz Zapolju.
U proljeće 1529. godine pristaše Zapolje su pod vodstvom biskupa Erdodyja zavladali gotovo cijelom Slavonijom, jedino je još općina na Gradecu pružala ozbiljniji otpor, zbog čega biskup odlučuje stati tome na kraj. Biskup je iz svoje utvrde okupio nekoliko tisuća ljudi i krenuo prema općini Gradec, a u svom pohodu prvo uništava podgrađe općine zbog osvete jer su Ferdinandovi španjolski plaćenici popalili kanoničke kurije kada su prvi put stigli u grad.
No, unatoč odlučnosti i spremnosti, biskup Erdody sa svojim ljudima nije napao gradečku utvrdu jer je bio u strahu da je Gradec predobro pripremljen za obranu, no istina je bila skroz drugačija. U odnosu na biskupovu vojsku, gradečko ljudstvo je bilo maleno i slabo naoružano. Glavni zapovjednik grof Nikola Thurn tražio je pomoć kralja i obećao da će se osvetiti biskupiji čim bude imao priliku.
Kralj odlučuje pomoći Gradecu te tako u Gradec dolaze ljubljanski biskup Kristofor Rauber, štajerski zemaljski kapetan Sigismund Dietrichstein, njemački velikaš Ivan Puechler, te hrvatski ban Ivan Karlović, ali i druge Ferdinandove pristaše iz Hrvatske i Slavonije, zbog čega se pretpostavlja da se tu našlo više od 10.000 vojnika. Biskup na informaciju o dolasku velikog broja vojnika bježi u unutrašnjost Slavonije, a nakon dolaska u Zagreb kapetan Dietrichstein izvještava austrijsku komoru da postoji mogućnost da bi se mogao vratiti s turskom vojskom, što se na kraju nije dogodilo.
Vojnici sa svojim zapovjedništvom, koji su došli u pomoć Gradecu, gotovo dva mjeseca opsjedaju biskupski grad. Unatoč velikom broju vojnika i konstantnim napadima, Kaptol ostaje neosvojen. Razlog lošem rezultatu je bio uglavnom u tome što vojnici nisu imali topove za rušenje zidova a i tome što su branitelji Kaptola izlazili iz grada napadajući vojnike koji su opsjedali grad. Kaptolske opsadne snage su došle do toga da su ostajali bez hrane i streljiva, zbog čega je prijetila predaja napadačkoj vojsci, no poslužili su se jednom prevarom.
Kaptolski vojnici su u neprijateljske redove pustili priču o dolasku turske vojske koja će spremno braniti Kaptol, te da se dio Turaka već nalazi u gradu. Kako bi prevara bila uvjerljivija, na toranj crkve Sv. Stjepana su objesili neku istrošenu zastavu u nadi da će neprijatelji pomisliti da je to turska zastava, te su počeli pucati u znak slavlja kao da slave dolazak turske vojske. Ova zanimljiva prijevara je urodila plodom, te kralj Ferdinand povlači svoje čete i šalje ih prema Beču, kojemu je također prijetila opasnost od Turaka.