Stogodišnji hrvatsko-turski rat započeo je Krbavskom bitkom 1493. godine, a završio je točno sto godina kasnije kod Siska. Turci su pod Sisak došli 15. lipnja 1593. godine, nakon čega je krenula mobilizacija vojske koja bi trebala obraniti Zagreb i Sisak. Nakon pobjede kod Siska, kršćanska vojska se počinje pripremati za osvajanje Petrinje, zbog čega se u srpnju 1593. godine u Zagrebu održava savjetovanje vojnih zapovjednika, te se donosi odluka da se krene na Petrinju. Petrinja je bila izuzetno bitna za tursku vojsku, zbog čega se smatralo da bi poraz Turaka kod Petrinje značio konačni kraj turskim osvajanjima ovih prostora.
Sljedeće godine, 1594., Turci se polako povlače sa sisačkog područja, a još godinu kasnije gube i Petrinju. Nakon bitke kod Petrinje, 22. rujna 1595. godine, Turci zauvijek prestaju biti prijetnja Zagrebu. Zbog rata koji je trajao gotovo cijelo stoljeće, vrlo jednostavno možemo reći da je 16. stoljeće u Zagrebu obilježeno – ratom.
Završetkom 16. stoljeća završava se najstarija, srednjovjekovna, epoha razvitka grada Zagreba, te se u grad počinju unositi veće životne promjene poput načina upravljanja gradom, mijenja se struktura stanovništva, te promjene ulaze u prosvjetu i kulturu.
Promjene slijede i u urbanističkoj koncepciji Gradeca i Kaptola, a nastupaju slijedom novih društvenih i gospodarskih okolnosti u kojima se grad našao, ali i cijelom političkom situacijom u zemlji.
Zanimljiva je simbolika kojom je završilo 16. stoljeće. Naime, s 15. na 16. rujan 1590. godine, tri godine prije konačnog završetka Stogodišnjeg hrvatsko-turskog rata, Zagreb je pogodio teški potres koji je srušio čak i Medvedgrad, a neki su to shvatili kao poruku da stoljeće završi rušenjem starog i najavom izgradnje novog doba.