Život u Hrvatskoj i Zagrebu u 16. stoljeću obilježen je Stogodišnjim hrvatsko-turskim ratom koji je imao ogroman utjecaj na ovdašnje prilike. Unatoč teškim vremenima tijekom cijelog 16. stoljeća, u Zagrebu se puno pažnje pridavalo obrazovanju, pa tako i na Kaptolu gdje se u popravljenom franjevačkom samostanu nalazila sjemenišna škola.
Sjemenišna škola je napredovala zahvaljujući većoj upotrebi tiskanih knjiga, kao i činjenici da su u njoj predavali profesori i nastavnici svećenici koji su se obrazovali na visokim školama u Italiji. Takve opće sjemenišne škole polazili su i svjetovnjaci, pa nisu mogle pružati dovoljnu naobrazbu svećenstvom pomlatku, zbog čega crkveni poglavari žele takvoj školi dati veću stručnu spremu. Jedan od razloga takvoj ideji je i sve veće širenje protestantizma, zbog čega svećenici žele imati više svojih ljudi kako bi bolje “branili vjeru”.
Na Tridentskom koncilu 1545. godine donesena je odluka da svaki biskup u svojoj biskupiji mora osnovati sjemenište gdje će se odgajati svećenički podmladak, pa tako biskup Juraj Drašković u Zagrebu osniva sjemenište koje će polaziti klerici zagrebačke biskupije.
Sjemenište se nalazilo u franjevačkom samostanu, da bi krajem 16. ili početkom 17. stoljeća bilo premješteno u obnovljenu kuriju kanonika Franje Filipovića. Škola se zvala crna škola prema tome što je to bilo u kući koja je na sramotu kanoniku bila crno obojana i takva je godinama stajala, a postoji i teorija da je nosila naziv crna škola zbog crnih odijela sjemeništaraca.
Kada govorimo o višoj naobrazbi na Kaptolu, klerici su uglavnom odlazili u inozemstvo – prvenstveno u Italiju, i to u glasovito sveučilište u Bologni gdje je kanonik Pavao Zondini iz Zagreba 1554. godine osnovao posebni kolegij za zagrebačke klerike – đake iz zagrebačke biskupije. Zagrepčani su u Bologni uglavnom studirali teologiju, filozofiju, pravo i medicinu, a tijekom dva stoljeća tu je živjelo nekoliko stotina Hrvata.
Zahvaljujući dugogodišnjem školovanju u Bologni, rektori bolonjskog kolegija su pisali kroniku njihova studija, pa su tako često bilježili i događaje u Hrvatskoj i Zagreba. Ta je kronika svjedok i vrijedan izvor za zagrebačku povijest u periodu od 1553. do 1764. godine.
No, i Kaptol uskoro dobiva svoju pravnu školu. Naime, krajem 16. stoljeća kanonik Baltazar Dvorničić na Kaptolu otvara svoju privatnu pravničku školu na kojoj je predavao građansko i crkveno pravo – duhovnoj ali i svjetovnoj mladeži.
U periodu 16. stoljeća pojavljuje se i prvi poznati knjižničar u Zagrebu. Naime, u Italiji su se tiskale prve crkvene knjige za Zagreb, pa se tako u Veneciji 1511. tiska latinski misal kojeg je na svoj trošak dao tiskati Zagrepčanin Ivan Muer, kojemu je novac posudio Kaptol. Pretpostavlja se da se Muer bavio izdavanjem i raspačavanjem knjiga.