S arhitektonskog gledišta, Kompleks Franjevačkog samostana je jednobrodna dvoranska crkva s izduženim propovjedničkim svetištem i zvonikom izgrađen oko 1255. do 1264. godine. Crkva je obnovljena između 1607. i 1620. godine, nakon požara 1645. te nakon potresa 1880. godine (oko 1885. i 1902. godine) kada je “regotizirana” prema projektima Hermanna Bollea čime dobiva današnji oblik.
Pregradnja gotičkog samostana započela je 1656., a 1669. godine dovršeno je južno i zapadno krilo, te hodnik u sjevernom krilu, dok je ulično krilo prema Kaptolu završeno 1697. godine.
Vanjština samostana sačuvala je izvorni kasnorenesansni izgled.
Kapela sv. Franje unutar samostana podignuta je godine 1683. godine, sa svodnim štukaturama smatra se najkvalitetnijim radom manirističkog razdoblja u kontinentalnoj Hrvatskoj.