Jedno od najtežih perioda zagrebačke povijesti svakako je bilo 16. stoljeće, a razlog tomu je bila opasnost od Turaka koji su se približavali gradu, pa sve do unutarnjih problema: dinastičke borbe, građanski rat i tradicionalni sukobi unutar samog grada. Stanovnici Zagreba su imali velikih briga oko održavanja utvrda, ratnih davanja te međugrađanskog nasilja, ali grad nije bio lišen niti kuge, poplava i potresa.
Na samom početku 16. stoljeća, točnije 1502. godine, Zagreb je doživio jak potres koji je ostavio teška oštećenja po gradu, a tijekom istog tog stoljeća potresi su Zagreb pogađali još 1505., 1506., 1530., 1586. i 1590. godine. U potresu 1502. godine teško su oštećene gradske utvrde, što je stvorilo dodatne probleme općini na Gradecu zbog uloge utvrda u obrani od Turaka. Uz potres, Zagreb nije bio pošteđen niti kuge koja se pojavila 1511. godine, a donijeli su ju upravo trgovci iz turskih krajeva.
Glavni izvor straha u gradu bili su najviše Turci. Zbog turske su opasnosti rasli iznosi ratne daće zbog opskrbe i uzdržavanja vojske.
U Zagrebu se početkom 16. stoljeća dogodio i građanski rat, ali i dinastičke borbe u cijeloj zemlji. Svi ti negativni događaji su imali velikog utjecaja na život u gradu Zagrebu. Razlog dinastičkim borbama leži u porazu vojske protiv Turaka na Mohačkom polju 1526. godine zbog čega je bila srušena stara državna zajednica, a zbog pitanja tko će doći na ugarsko-hrvatsko prijestolje dolazi do sukoba.
Već nekoliko dana nakon bitke na Mohačkom polju 1526. godine, u Zagreb stižu prvi bjegunci koji nose vijesti o porazu, zbog čega na području cijelog Zagreba zavladava veliki strah. Mnogobrojni stanovnici su razmišljali o bijegu jer su očekivali da će Turci krenuti na Zagreb. Zbog novonastale panike, 3. rujna 1526. godine Krsto Frankopan donosi proglas u kojem traži da žitelji Slavonije budu smireni i da se ne boje, te da će Turci kad tad biti pobijeđeni.
Na sreću svih u državi, pa tako i stanovnika Zagreba, Turci se povlače. Postoji zanimljiva legenda koja kaže: Bilo je točno podne kada su Turci bili nadomak Zagreba, tek preko rijeke Save, kada je paša očekivao svoj ručak – pijetla. Kuhar je laganim korakom nosio tu deliciju na već pripremljeni stol u turskom taboru, kad ono – BUM! Pucanj iz Gričkog topa uništio je ručak paši, što je izbezumilo Turke i natjeralo ih na bijeg.