Biskup i Kaptol su imali brojna zemljišta putem kojih su dobivali dobre prihode, no biskup je imao još jedan prihod koji mu je dolazio od puka, a to je bila crkvena desetina. Biskup je imao pravo ubiranja crkvene desetine na cijelom području zagrebačke biskupije, a to su mu pravo davali kraljevi, počevši od Andrije II. Cilj crkvene desetine je bilo uzdržavanje Kaptola, podizanje crkvene župe, škole, i za brigu o sirotinji.
No, unatoč brojnim posjedima i prihodima koji su dolazili s istih tih posjeda, crkva je bila u vrlo teškom materijalnom položaju. Crkva se mučila s državnom vlasti, pogotovo u 15. stoljeću kada je bila pritisnuta ratnim porezima, zbog kojih je morala sa strane skupljati novac kako bi namirila sva davanja, u protivnom bi joj se plijenila imanja, zbog čega bi gubila izvore prihoda.
U teškim financijskim trenucima, Kaptol je čak morao zalagati imanja te brojne crkvene dragocjenosti, ali i posuđivati novac kako bi platio teške državne namete. No, nekada ni ti pothvati ne bi bili dovoljni, pa bi Kaptol prebacio porez na podložnike.
Još jedan veliki trošak bilo bi ugošćavanje kraljevske vojske kada bi ona prolazila kroz Zagreb. Kaptol bi ih morao ugostiti – vojska bi se smjestila po kurijama te bi boravila na teret Kaptola, koji bi morao platiti i svu štetu koju počini vojska dok boravi na tom području.
Borbe je Kaptol vodio i za svoje posjede, a posebne je probleme imao pokušavajući naplatiti crkvenu desetinu, a dobivene je prirodnine jako teško pretvarao u novac.
Naravno, bitno je spomenuti da je Kaptol imao i ogromne materijalne i ljudske gubitke i zbog stoljetnih sukoba sa susjednim Gradecom, ali i s zemljovlasnicima na Medvedgradu i u Susedgradu. Tu je bila i duga stalna opasnost od Turaka, pa je tako Kaptol morao izgraditi obrambene zidine u slučaju napada na grad.
U drugoj polovici 15. stoljeća, 1470. godine, Kaptol se žali kralju Matijašu zbog teških vremena izvazvanih otmicama posjeda i uskraćivanjem desetine, i to u želji da se smanje porezi i druga davanja prema državi.
Na sjednici 1467. godine, Kaptol je konstatirao da crkva i njezin ugled propadaju, a to je bio odraz činjenice da su bila teška vremena za mnoga naselja u zagrebačkom području, pogotovo kada se uzme u obzir da se u zraku najviše osjećala opasnost od Turaka.
U povodu naseljavanja Opatovine, Kaptol je izdao povelju u kojoj je navedeno da su stanovnici već zaboravili na mir, zbog čega se zaključuje da su teška vremena za Kaptol trajala puno godina.
Da materijalni problemi ne budu jedini, pojavila se i bolest, a građani su najviše stradavali nakon pojave kuge 1455. godine. Za oboljele od kuge postojala je bolnica blizu Save, a sve je bilo usmjereno tomu da se oboljeli dobro izoliraju kako bi se suzbila bolest.
Osim zarazne bolnice, koja je nosila ime po Sv. Petri, tu je bila i bolnica, tj. ubožnica Sv. Elizabete, ali i bolnica Sv. Antuna.
Kaptol je puno vremena posvećivao bolnicama i edukaciji o medicini općenito, a to se vidi po tome što su se već u sjemenišnoj školi učila neka osnovna znanja iz medicine, kao i o uporabi ljekovitog bilja i pravila kako čuvati zdravlje. Znamo da su već zagrebački kanonici dosta rano stjecali liječničku naobrazbu na sveučilištima u Italiji i Francuskoj, te djelovali u Zagrebu kao pravi liječnici. Zbog toga su liječnici svećenici išli čak s Kaptola na Gradec liječiti ljude. Tako da su, inače dvije neprijateljske općine, kada je u pitanju bilo zdravlje, pronalazili zajednički jezik.