Početkom 16. stoljeća u državi su postojale dvije stranke – dvorska stranaka i narodna stranka. Dvorska stranka je držala stajalište da se Ugarska zajedno s Hrvatskom i Slavonijom ne može sama braniti protiv neprijateljske sile, točnije – od Turske, zbog čega se više oslanja na inozemstvo i zapadne zemlje. CIlj dvorske stranke je bio na prijestolje dovesti austrijskog nadvojvodu Ferdinanda. Između te dvije strane izbio je građanski rat. Zagreb, kao glavni grad i sjedište biskupije još od 1094. godine, postaje središte najvećih borbi za prijestolje. Kako je bilo za očekivati, stanovništvo se dijeli u dva tabora – s jedne je strane bio Gradec koji je bio uz Ferdinanda, dok je Kaptol bio uz Zapolju.
Za vrijeme građanskog rata, Gradec je bio pod stalnim stanjem pripravnosti, te su sve snage bile usmjerene na obranu. Posebno teško razdoblje bilo je u ljeto 1530. godine kada su biskup i njegovi pristaše počeli okupljati se na tri mjesta oko Gradeca, zbog čega su na gradečkom brdu očekivali napad s tri strane.
Mnogi su građani na gradečkom brdu bili u dosta teškom stanju zbog nestašice hrane, a dio njih se čak i razbježao. Oni koji su ostali su bili očajni zbog teške situacije, a preostali dio namirnica su morali podijeliti vojsci. Osim nestašice hrane, vojnici su se borili i s nestašicom baruta.
Gradec je u više navrata tražio pomoć, pa je tako zapovjednik mjesne vojničke posade kapetan Pekri u ljeto 1530. godine dobio obavijest da u Zagreb dolazi čak tisuću konjanika, no nisu uspjeli stići do grada, pa je tako u tom periodu na Gradecu bilo svega stotinjak vojnika gradske posade, a do napada u kolovozu iste godine ipak nije došlo.
Opasnost od napada na Gradec je i dalje postojala, ali ne samo od strane biskupa, već i od Turaka koji su kao biskupovi saveznici mogli napasti grad.
Za Gradec se prilike polako popravljaju tek u listopadu 1530. godine kada su Ferdinandovci i Zapoljevci u taboru kod Dišnika i Novog Dvora sklopili primirje i službeno završili građanski rat, iako do potpunog mirenja te dvije strane još nije došlo.
Zbog činjenice da su netrpeljivosti između ova dva tabora i dalje tinjale, biskup Erdody i dalje napada ili privlači protivnike u Zapoljin tabor, zbog čega i dalje na Gradecu postoji određena doza straha i opreznosti od mogućeg napada neprijateljskih snaga.
Poseban strah među stanovnicima Gradeca izazivala je ideja o udruženju biskupa s Turcima. U travnju 1531. godine na udaljenosti od svega deset milja od Zagreba utaborilo se oko 40.000 Turaka koji su na čelu sa zagrebačkim biskupom namjeravali krenuti prema Gradecu. Iako nije došlo do potpunog mirenja pristaša Zapolje i Ferdinanda, do napada na Gradec ipak ne dolazi.
Postoji zanimljiva legenda koja kaže: Bilo je točno podne kada su Turci bili nadomak Zagreba, tek preko rijeke Save, kada je paša očekivao svoj ručak – pijetla. Kuhar je laganim korakom nosio tu deliciju na već pripremljeni stol u turskom taboru, kad ono – BUM! Pucanj iz Gričkog topa uništio je ručak paši, što je izbezumilo Turke i natjeralo ih na bijeg.
Konačni mir između Ferdinanda i Zapolje potpisuje se 24. veljače 1538. godine, čime se završava dugogodišnja borba oko prijestolja i vlasti, za vrijeme koje su najviše stradali Zagreb i njegova okolica.