Pravo glasa u izboru biskupa na srednjovjekovnom Kaptolu imali su ugarski kraljevi i papa, zbog čega se stvaraju brojni sukobi. Naime, do žestokih bi borbi došlo kada bi se postavilo pitanje postavljanja zagrebačkih biskupa, a tome ne pomaže činjenica da su u izboru, osim pape i kraljeva, sudjelovali i velikaši, biskupi, kanonici i sami Kaptol – svi oni su htjeli za biskupa postaviti svog kandidata.
Najveće borbe oko izbora za zagrebačkog biskupa javljaju se u 14. i 15. stoljeću, u vrijeme najjače opozicije velikaša i banova protiv tadašnjeg kralja Žigmunda i Matijaša Korvina. Kralj, državna vlast i velikaši su pokušavali progurati svog, a pape svog kandidata, dok su se kanonici morali odlučiti za jednu od te dvije strane.
Naime, ako bi kanonici odabrali kraljevog kandidata, prijetio bi im izgon iz crkve, dok bi im izbor papinog kandidata donio potencijalnu osvetu koja bi mogla biti smrtna kazna ili progonstvo. U tim se izborima rađaju mnoge spletke, bacaju se prokletstva, ucjenjuju se pojedini sudionici odabira za biskupa, ali se i otimaju posjedi, proganjaju kanonici…
Jedan od drastičnijih primjera nasilna preuzimanja biskupske stolice bio je nastup erdeljskog prepošta Mihajla kojeg je krajem 13. stoljeća za biskupa postavio kralj Andrija. Mihajlo je u Zagreb ušao s vojskom te se tako nasilno dao ustoličiti u stolnoj crkvi, a onda je krenuo proganjati kanonike i ukidati naredbe svog prethodnika, biskupa Ivana.
Dok su u 13. i 14. stoljeću u odabiru kanonika sudjelovali biskupi, papa i kraljevi, nešto kasnije, u 15. stoljeću, pape više ne sudjeluju u izboru zagrebačkih kanonika, već ta uloga uloga odabira preostaje samo biskupima i kraljevima, a kasnije se u taj odabir sve više upliću i grofovi Celjski. Oni su za kanonike postavljali svoje ljude, uglavnom Nijemce, a da pri tome nisu pazili na njihove sposobnosti. Najvažnije im je bilo da je na čelu njihov čovjek.