U Zagrebu, ali i Hrvatskoj, 16. stoljeće obilježeno je Stogodišnjim hrvatsko-turskim ratom, a sam kraj stoljeća završio je tako da je s 15. na 16. rujna 1590. godine, tri godine prije konačnog završetka Stogodišnjeg hrvatsko-turskog rata, Zagreb pogodio teški potres koji je srušio čak i Medvedgrad, a neki su to shvatili kao poruku da stoljeće završi rušenjem starog i najavom izgradnje novog doba.
Nekoliko je ckrvenih redova imalo veliki utjecaj na gradnju na Gradecu u poslijeratnom 17. stoljeću, a jedan od tih redova bile su i opatice klarise. Opatice klarise su svoj samostan gradile na samoj sjevernoj strani nekadašnjeg Gradeca, u blizini Popovog tornja, a djelomično se nalazio i na istočnom gradskom zidu.
Gradnja samostana je započela 1647. godine, a već tri godine kasnije dio zgrade bio je useljiv.
S južne strane samostana kasnije se izgradila i Crkva sv. Trojstva (u drugoj polovici 17. stoljeća), a bila je okrenuta u smjeru sjever-jug. Kao i u slučaju ostalih crkvenih redova koji su gradili na tadašnjem Gradecu, i izgradnja ovog samostana je djelomično bila financiranja od strane plemstva i građana. Svoj je doprinos dao i Hrvatski sabor tako što je donio odluku da su podložnici morali besplatno dovoziti građu i pomagati pri samoj gradnji crkve i samostana.
Naravno, kao i brojne građevine tadašnjeg Gradeca, samostan i crkva opatica klarisa su također stradavali u požarima, posebno 1674. godine kada su opatice čak morale preseliti se u župni dvor na Novoj vesi. Slično se ponavlja i 1706. godine kada je požar toliko oštetio samostan da se u njemu nekoliko godina nije moglo boraviti.
Velike promjene samostan je doživio krajem 18. i na početku 19. stoljeća kada je samostan trebalo preurediti u svjetovne svrhe, a danas se na tom mjestu nalazi Muzej grada Zagreba.