U Zagrebu, ali i Hrvatskoj, 16. stoljeće obilježeno je Stogodišnjim hrvatsko-turskim ratom, a sam kraj stoljeća završio je tako da je s 15. na 16. rujna 1590. godine, tri godine prije konačnog završetka Stogodišnjeg hrvatsko-turskog rata, Zagreb pogodio teški potres koji je srušio čak i Medvedgrad, a neki su to shvatili kao poruku da stoljeće završi rušenjem starog i najavom izgradnje novog doba.
Osim na Gradecu, i na Kaptolu se dižu nove i obnavljaju stare i teško oštećene građevine. Tijekom cijelog razdoblja 17. stoljeća vršeni su mnogi graditeljski poslovi, a pogotovo nakon teških požara koji su pogodili grad 1624., 1645. i 1674. godine. U sklopu građevinskih radova tako se proširivao biskupski dvori, radilo se na dijelovima stolne crkve, kao i na kaptolskoj vijećnici i kanoničkim kurijama te na franjevačkom samostanu.
Svi zagrebački biskupi su tijekom 17. stoljeća brinuli o uzdržavanju katedrale i biskupskog dvora, a radovi su trajali desetljećima. Kanonici su vodili velike bitke s požarima koji su uništavali njihove drvene kurije, nakon čega su morali podizati nove – ovaj put zidane kurije.
Teže su prolazili franjevci zbog svog siromaštva, pa su tako svoj samostan, oštećen u požaru, godinama obnavljali. U obnovi im je pomogao Hrvatski sabor, ali ne financijama, već samo radnom snagom – podložnicima.
Polako se u tom periodu na Kaptolu javlja i građevinska djelatnost, pa su tako brojni majstori stizali uglavnom iz Kranjske i Štajerske.