Nakon utemeljenja biskupije u Zagrebu, 1094. godine, neke od najvažnijih uloga u funkcioniranju naselja na svojim leđima nosili su kanonici i biskupi. Prve je kanonike, koji su stigli odmah po osnutku biskupije, imenovao kralj Ladislav. Nakon nekog vremena, ulogu biranja kanonika preuzimaju biskupi, a od druge polovice 13. i 14. stoljeća tu kanonike biraju pape i kraljevi.
Biranje kanonika je obično funkcioniralo po političkom momentu, tako da su kanonike birali neovisno o njihovoj narodnosti i njihovim vrlinama. Zbog činjenice da su to uglavnom bili Mađari, kanonički zbor zagrebačke biskupije je za vrijeme srednjeg vijeka bio isključivo heterogen, tako da nije bio povezan s domaćom sredinom.
Ništa puno drugačije nije bilo niti po pitanju odabira biskupa. Pravo odabira biskupa bilo je primamljivo kraljevima, ali i papama. Prvog zagrebačkog biskupa postavio je kralj Ladislav, i za pretpostaviti je da su određeno vrijeme zagrebačke biskupe birali samo mađarski kraljevi, a onda bi ih kaločki nadbiskup samo službeno potvrdio.
Sredinom 13. stoljeća, biskupe je birao i predlagao i Kaptol, a kasnije ih je postavljala i Sveta Stolica.
Kako je biskupov položaj u to vrijeme bio politički isto koliko i vjerski, zbog uske povezanosti crkve i države, mađarski su kraljevi svoje kandidate pokušavali nametnuti i mimio Rima, često i silom. Cilj mađarskih kraljeva je bio da na toj uzvišenoj poziciji imaju odane ljude. Kandidati, koji su pretendirali za poziciju biskupa, često su prije preuzimanja te uloga na kraljevskom dvoru služili kao dvorski kancelar, a s pomoću njih su kraljevi htjeli osigurati sebe od protudinastičkih biskupskih akcija i održavanja što većeg utjecaja u zemlji. Ništa drugačije nisu razmišljali ni pape koji su htjeli postavljati svoje kandidate.
U tom rivalstvu tko će postaviti svog kandidata za biskupa prevladavali su kraljevi, tako da su na stolici zagrebačke biskupije uglavnom sjedali kraljevski kandidati.
Koliko je jaka pozicija biskupa govori i to da su neki zagrebački biskupi početkom 12. stoljeća utjecali i na javne poslove na samom kraljevskom dvoru. Nešto kasnije, početkom 13. stoljeća, Stjepan II se osjećao toliko snažnim da je počeo raditi na tome da se zagrebačka biskupija odcijepi oslobodi mađarske hijerarhije, te da postane samostalna, neovisna nadbiskupija za cijelu Hrvatsku – od Drave do mora. No, zbog papinog otpora i provale Tatara, Stjepan II nije uspio u svom naumu.