Kaptolsko je naselje do polovice 13. stoljeća živjelo i vladalo ovim prostorima, bez ikakve konkurencije, sve dok se na susjednom brdu Gradec nije pojavilo novo naselje, pa tako i podjela vlasti i prava, ali i suparništva koja su trajala godinama. S jedne strane, zapadno od potoka Medveščak, bila je svjetovno-gradska vlast, a na istočnoj obali potoka prevladavala je biskupsko-kaptolska. Naselje na gradečkom brdu se nakon teškog pustošenja Tatara utemeljuje i obnavlja povlasticama Zlatne bule Bele IV, težak proces obnove čekao je i Kaptol, a trajao je desetljećima.
Kaptol je doživio teško razaranje, bio je u potpunosti opustošen, a najreprezentativnija kaptolska građevina, katedrala, razorena je i spaljena. Uz katedralu, ništa bolje nisu prošli ni banski i biskupski dvori, kao niti kuće koje su bile sagrađene od drveta.
Osim zgarišta i ruševina, posljedice tatarskog pustošenja osjetile su se i na financijskom dijelu života na Kaptolu, što je dodatno usporavalo oporavak i ponovnu izgradnju na tom području. Zbog osiromašenja, Kaptol i biskup nemaju sredstava za obnovu katedrale, zbog čega obnova mora pričekati još nekoliko godina. Dok se katedrala ne izgradi, Kaptol je podignuo malu kapelu sv. Stjepana, koja se nalazi u sredini južnog krila nadbiskupske palače.
Na Kaptolu je sagrađen i novi biskupski dvor, ali puno skromniji nego prethodni.
Za kapelu sv. Stjepana i novi biskupski dvor zaslužan je biskup Stjepan koji se, nakon bijega u Dalmaciju pred Tatarima, vratio na zagrebačko područje. Pretpostavlja se da je u toj “prvoj” obnovi sagrađena i župna crkva sv. Emerika koja se prvi put spominje tek 1328. godine, a koja se nalazila na mjestu tzv. Bakačeve kule u sredini zapadnog krila, a srušena je 1511. godine.