U Zagrebu, ali i Hrvatskoj, 16. stoljeće obilježeno je Stogodišnjim hrvatsko-turskim ratom, a sam kraj stoljeća završio je tako da je s 15. na 16. rujna 1590. godine, tri godine prije konačnog završetka Stogodišnjeg hrvatsko-turskog rata, Zagreb pogodio teški potres koji je srušio čak i Medvedgrad, a neki su to shvatili kao poruku da stoljeće završi rušenjem starog i najavom izgradnje novog doba.
Naravno, brige iz 16. stoljeća nisu nestale samo tako, pa tako Zagreb u novom stoljeću nije bio pošteđen novih požara, potresa i kuge, kao i još uvijek prisutne turske opasnosti, unatoč sklopljenom miru.
Uz prirodne nepogode i ratne neprilike, u Zagrebu se vodila velika borba protiv protestantizma kojom su vladajući krugovi htjeli učvrstiti Katoličku crkvu, kao i suzbiti širenje slobodnih svjetovnih ideja renesanse. Protestantizam se na ovim područjima pojavio već u 16. stoljeću, tako da je u Zagrebu bilo protestanata, iako se Hrvatska, zajedno s Katoličkom crkvom, čvrsto protivila drugoj religiji na “domaćem terenu”.
Još sredinom 16. stoljeća – 1567. godine – Hrvatski je sabor donio odluku da svatko tko istupi iz Katoličke crkve ne može imati nikakvog imetka ili zauzimati neku bitnu poziciju u državi, no čak je i u redovima zagrebačkog svećenstva bilo pristaša protestantizma. 1574. godine je održana i svečana ceremonija u katedrali kojom su kanonik Gjuro Tralja i nekadašnji župnik Mihajlo Bučić izopćeni iz Katoličke crkve zbog svojih stavova o protestantizmu.
Kako bi se zaustavilo širenje ideje protestantizma, biskup Drašković je u Zagrebu osnovano sjemenište jer su mnogi mladići, koji su odlazili na bogoslovne nauke u inozemstvo, napuštali katoličku vjeru i prelazili na protestantizam.
Iako su Hrvatski sabor i Katolička crkva snažno stali protiv protestantizma, a Hrvatski sabor čak donio odluku o tome kako je katolička vjera jedina dopuštena vjera u Hrvatskoj, početkom 17. stoljeća u Zagrebu je bilo dosta stanovnika koji su bili naklonjeni protestantizmu.
Kako bi zaustavili širenje protestantizma, u Zagrebu su razvili jaku protureformatorsku djelatnost na čijem su čelu bili biskup Šimun Bratulić i ban grof Tomo Erdody. Kralj Rudolf je odlukom iz 16. siječnja 1608. godine odlučio da je jedino katolička vjera dopuštena u Hrvatskoj i Slavoniji, te taj zaključak kasnije Sabor proglašava zakonom.