Jedno od najtežih perioda zagrebačke povijesti svakako je bilo 16. stoljeća, a razlog tomu je bila opasnost od Turaka koji su se približavali gradu, pa sve do unutarnjih problema: dinastičke borbe, građanski rat i tradicionalni sukobi unutar samog grada. Stanovnici Zagreba su imali velikih briga oko održavanja utvrda, ratnih davanja te međugrađanskog nasilja, ali grad nije bio lišen niti kuge, poplava i potresa.
U državi su postojale dvije stranke – dvorska stranaka i narodna stranka. Dvorska stranka je držala stajalište da se Ugarska zajedno s Hrvatskom i Slavonijom ne može sama braniti protiv neprijateljske sile, točnije – od Turske, zbog čega se više oslanja na inozemstvo i zapadne zemlje. CIlj dvorske stranke je bio na prijestolje dovesti austrijskog nadvojvodu Ferdinanda.
S druge strane, narodna stranka, koju je predvodio najbogatiji mađarski velikaš Ivan Zapolja, bila je stava da stranac ne može biti izabran za ugarsko-hrvatskog kralja, a uz Zapolju je bila gotovo čitava Mađarska i Slavonija. Uz dvorsku stranku, i izbor Ferdinanda, bili su pojedini mađarski i slavonski velikaši, te cijela Hrvatska između Kupe i Jadranskog mora.
Dvorska stranka je imala najviše pristaša u Hrvatskoj baš zato što je taj dio najviše patio od prodora Turaka, zbog čega se na tom području najviše javlja potreba za jačanjem obrane.
Nakon smrti kralja Ludovika II Jagelovića, koji je svojom nesposobnošću doveo državu do propasti te izgubio život u Mohačkoj bitki 1526. godine, svaka od dvije navedene stranke na prijestolje dovodi svog odabranika. Narodna stranka bira Zapolju, a dvorska Ferdinanda, što izaziva građanski rat i drugotrajne stranačke borbe u zemlji.
Na početku građanskog rata nešto je jači bio položaj Zapolje, izbora narodne stranke, ponajviše zato što su ga kraljem priznale i neke strane države, a Francuska mu je čak ponudila i pomoć u borbi protiv njegova protivnika.
U sukobu vojske dvije stranke, Zapolja je potučen 27. rujna 1527. godine kod Tokaja, kada stradava vođa njegove stranke Krsto Frankopan. Nakon te bitke izgledi za uspjeh Zapolje su u potpunosti nestali, zbog čega je mađarsko i slavonsko plemstvo okrunilo Ferdinanda za kralja. Proglašavanjem Ferdinanda kraljem tek privremeno prestaje građanski rat.