U Zagrebu, ali i Hrvatskoj, 16. stoljeće obilježeno je Stogodišnjim hrvatsko-turskim ratom, a sam kraj stoljeća završio je tako da je s 15. na 16. rujna 1590. godine, tri godine prije konačnog završetka Stogodišnjeg hrvatsko-turskog rata, Zagreb pogodio teški potres koji je srušio čak i Medvedgrad, a neki su to shvatili kao poruku da stoljeće završi rušenjem starog i najavom izgradnje novog doba.
Unutar zidina kuće su male i trošne, a reprezentativne su tek javne zgrade poput crkvi, samostana, škola i vijećnica. Građanske kuće su bile jednostavne, najčešće prizemnice, a pretpostavlja se da nisu bile više od kuće obitelji Zrinski koja se nalazi na današnjem Markovićevom trgu. Na našu žalost, mnoge od privatnih stambenih zgrada tog vremena, ni plemićkih ni velikaških, nisu sačuvane danas, a iznimke su tek kuće obitelji Zrinskih i kuća Balbi koja se nalazi u današnjoj Demetrovoj ulici.
No, nije se gradilo samo unutar zidina, već i u okolici tadašnjeg Zagreba, a uglavnom su se gradili sakralni objekti.
Tako se izvan sjevernih gradskih vrata, na današnjoj Jurjevskoj ulici, gradila mala kapela svetog Jurja (1689. godine), a na mjestu stare drvene kapele koja je nastradala od gromova. Ta stara drvena kapela sv. Jurja spominje se još u 15. stoljeću. Danas je ta kapelica često spominjanja i zbog napuštenog groblja koje se nalazi u dvorištu. Kao zanimljivost, vrijedno je spomenuti da je Ljudevit Gaj bio prvobitno pokopan na Jurjevskom groblju, no kasnije je njegovo tijelo ekshumirano i preneseno na Mirogoj. Groblje je dobilo ime po crkvici Sv. Jurja, zaštitnika Zagreba.
Na području susjednog brežuljka, kojeg danas znamo kao Rokov perivoj, građani tadašnjeg Gradeca ispunjavaju zavjet grade Crkvicu sv. Roka, a nešto sjevernije na nekadašnjem zemljištu isusovačkog konvikta (danas Nazorova ulica) Helena Patačić gradi Kapelu sv. Josipa.
Ako idemo još zapadnije, krajem 17. stoljeća se gradi zidana Crkvica sv. Duha, a mijenja staru i trošnu drvenu kapelicu koja je tamo stajala još početkom stoljeća.
Sa sredinom 17. stoljeća kreću građevinski radovi na pavlinskom samostanu i Crkvi sv. Marije u Remetama, nešto istočnije od centra grada. Samostan se proširio tako da mu se dogradilo istočno i sjeverno krilo, a staroj se srednjovjekovnoj gotičkoj crkvi s južne strane dozidala i nova kapela (1645. godine).