Srednjovjekovni Kaptol je na području svog teritorija osnovao nekoliko naselja kojima je dao samoupravu i određena prava, no i dalje je imao vrhovnu vlast kada su bile važne odluke u pitanju. Sama organizacija ustroja vlasti na Kaptolu je bila temeljita, a zasnivala se na kaptolskoj verziji Zlatne bule koja je nosila naziv Zbornik odredbi, propisa i povlastica, a sastavio ga je Ivan, arhiđakon gorički i kanonik zagrebački.
Naravno, kao i u slučaju Gradeca, i Kaptolu su od iznimne važnosti bila brojna imanja koja je imao u svom posjedu, i to zbog prihoda koji su stizali iz tih smjerova. Kako su to bili značajni prihodi, Kaptol se posvetio upravljanju njima – jedan dio svećenstva se bavio crkvenim i duhovnim dužnostima, a drugi dio se bavio materijalnim pitanjima.
Posebnu je važnost Kaptol pridavao dvama selima koja su mu bila podređena – Sisak i Varaždinske Toplice. Naime, zbog veličine tih sela zvali su ih županijama.
Podjela vlasti i organizacijske strukture Kaptola bila je dosta detaljna, pa se tako vodila briga i o reprezentativnim i drugim vrijednostima crkve za koje je bila zadužena posebna osoba – kanonik kustos – on je čuvao crkvene dragocjenosti, skupo posuđe, misno ruho, i ostale bitne dokumente. Kaptolskom imovinom je upravljao kanonik dekan, a posao mu je bio nadziranje i pritjecanje prihoda koje bi onda dijelio kanonicima.
Što se tiče evidencije o uplaćivanju desetine i ostalih davanja prema naselju i državi općenito, time su se bavili kaptolski bilježnici – oni su kontrolirali i mjere te pazili da desetinsko vino i žito bude ispravno i zdravo.
Za brojne kaptolske vinograde brigu su vodili podložnički župani, dok je kaptolski ključar imao dužnost da od vina dnevno svakom pojedinom kanoniku udjeli propisanu mjericu.
Kako bi lakše upravljao svojim selima, Kaptol je imao pomoć seoskih sudaca ili vesnika koji su bili na čelu sela, a postavljao ih je dekan. Dužnost seoskih sudaca bila je da proglašavaju i provode u djelo sve naredbe koje dođu s Kaptola, a za dekana su godišnje ubirali novčane prinose od kmetova. Također, seoski suci su mogli suditi u nekim manjim sporovima, dok je za veće sporove bio nadležan sud na Kaptolu.
Naravno, kao i na Gradecu, i na Kaptolu su veliku važnost pridavali javnim bilježnicima koji su bili također i papinski i kraljevski opunomoćenici, pa su se pred njima sklapali i brojni ugovori i potvrđivali zapisi.