Crkva svete Marije, prvotno samostanska, a od početka 16. stoljeća župna crkva, izgrađena je na zaravanku koji se terasto spušta prema nekadašnjem kaptolskom podgrađu. Na tom se mjestu od 13. stoljeća spominje istoimena kapela, odnosno crkva za koju se zna samo da je pripadala cistercitima, koji su uz nju imali samostan te kupalište na vlastitu zemljištu blizu Potoka (današnje Tkalčićeve ulice).
Početkom 16. stoljeća cistercitski red se ugasio, a crkva sv. Marije je postala župna.
Na najstarijem očuvanom likovnom prikazu Zagreba (16.st.) crkva je nacrtana uz zapadni kaptolski zid i neznatnih je dimenzija u odnosu prema katedrali. Mala gotička crkva, s tornjem na istočnoj strani, sredinom 18. stoljeća postupno je proširena u trobrodno zdanje uz koje je na sjevernoj strani izgrađen zvonik. Zapadni ulaz u crkvu sa stubama izveden je krajem 18. stoljeća, no uglavnom je u uporabi manji ulaz s baroknim portalom na istočnoj strani. Mramorni glavni oltar s kipovima sv. Petra i Pavla i anđelima postavljen je 1768. godine, a fresku iza njega, u svetištu, naslikali su slovenski slikari otac Franc i sin Krištof Jelovšek.
Na četirima oltarima u lađama (1772. – 1773.) uz mramorne kipove svetaca nalazile su se oltarne slike slovenskoga slikara Antona Cebeja, od kojih je ostala samo slika Poklonstvo svetih Triju kraljeva. Kipovi na svim oltarima i reljef na propovjedaonici radovi su ljubljanskog kipara i graditelja Franje Rottmana. Propovjedaonica je ukrašena velikim reljefeom koji prikazuje propovjedanje sv. Ivana Krstitelja.
Crkva nije stradala u velikom potresu 1880., pa je služila za mise umjesto teško oštećene katedrale dok se ona popravljala.
Danas je crkva sv. Marije okružena modernim zgradama, izgrađenim nakon uređenja Dolca 1925. godine, prilikom kojeg je srušen i cistercitski samostan.