Kaptolsko je naselje do polovice 13. stoljeća živjelo i vladalo ovim prostorima, bez ikakve konkurencije, sve dok se na susjednom brdu Gradec nije pojavilo novo naselje, pa tako i podjela vlasti i prava, ali i suparništva koja su trajala godinama. S jedne strane, zapadno od potoka Medveščak, bila je svjetovno-gradska vlast, a na istočnoj obali potoka prevladavala je biskupsko-kaptolska. Naselje na gradečkom brdu se nakon teškog pustošenja Tatara utemeljuje i obnavlja povlasticama Zlatne bule Bele IV, težak proces obnove čekao je i Kaptol, a trajao je desetljećima.
Kaptol je doživio teško razaranje, bio je u potpunosti opustošen, a najreprezentativnija kaptolska građevina, katedrala, razorena je i spaljena. Uz katedralu, ništa bolje nisu prošli ni banski i biskupski dvori, kao niti kuće koje su bile sagrađene od drveta.
Stjepanov nasljednik, biskup Filip, oko 1258. godine inicira gradnju nove katedrale, a uspjeh na tom području bilježi tek biskup Timotej u sljedećih 25 godina. Timotej je podignuo svetište, kao i desnu i lijevu apsidu te sakristiju, a pretpostavlja se da su se u njegovo vrijeme počeli graditi i zvonici s jednim dijelom pročelja.
Dok se u jugoistočnom dijelu kaptolskog naselja polako gradila nova katedrala, na suprotnoj strani, sjeverozapadnoj, franjevci u drugoj polovici 13. stoljeća podižu svoju crkvu i samostan Sv. Franje. Pretpostavlja se da su franjevci u Zagreb stigli ubrzo nakon Tatara, gdje osnivaju svoj samostan – prema legendi na mjestu gdje je nekoć stanovao Sv. Franjo Asiški.
Na početku 14. stoljeća na jugozapadnom dijelu Kaptola, na području današnje tržnice Dolac, podiže se još jedna crkva i samostan uz nju – riječ je o samostanu i crkvi Sv. Marije koje su sagradili cisterciti kada su oko 1315. godine naselili Kaptol. Ispred crkve Sv. Marije, gdje je kasnije stajala kaptolska ljekarna, do 16. stoljeća se nalazila i kapela Sv. Leonarda.
Osim sakralnih objekata koji su bili česta pojava na kaptolskom području, tu se podiže i jedna bolnica ili ubožnica, kako su se nekada nazivale bolnice. Bolnica se nalazila nedaleko stolne crkve i južnih kaptolskih vrata, a blizu mjesta gdje su nekada stajali banski dvori. Bolnica se prvi put spominje sredinom 14. stoljeća, ali se pretpostavlja da je tamo stajala i prije.
Bolnica, koju su nazivali po Sv. Elizabeti, a imala je i vlastitu istoimenu kapelu, stradala je u požaru 1529. godine za vrijeme napada Ferdinandove vojske na biskupski grad, kada su se borbe vodile između pristaša Ivana Zapolje i pristaša kralja Ferdinanda.
Gradec je prema odredbama Zlatne bule iz 1242. godine imao zadatak izgraditi i obrambene zidine koje su, nakon što su izgrađene, bile povod da se banovi presele s Kaptola na nešto sigurnije gradečko brdo. Nakon što su banovi napustili Kaptol, njihovi su dvori ostali prazni dok nisu nestali krajem 13. stoljeća kada se gradila utvrda za obranu biskupskog grada.
Na Kaptolu se nalazilo i kupalište, i to 1291. godine na potoku Medveščak pod Opatovinom, čiji su vlasnici bili cisterciti a koristili su ih kao najmoprimci kanonici i članovi prebendarskog zbora, a nekada i građani susjednog Gradeca.
Na kaptolskom se području nalazilo i groblje, i to pred crkvom Sv. Emerika. Kada je 1511. godine crkva srušena, groblje je napušteno i novo se osniva oko crkve Sv. Marije, gdje se pokojnici pokapaju do kraja 18. stoljeća, nakon čega se ukopi vrše na groblju Sv. Tome kod Zvijezde, koje se otvara 1786. godine.