U Zagrebu, ali i Hrvatskoj, 16. stoljeće obilježeno je Stogodišnjim hrvatsko-turskim ratom, a sam kraj stoljeća završio je tako da je s 15. na 16. rujna 1590. godine, tri godine prije konačnog završetka Stogodišnjeg hrvatsko-turskog rata, Zagreb pogodio teški potres koji je srušio čak i Medvedgrad, a neki su to shvatili kao poruku da stoljeće završi rušenjem starog i najavom izgradnje novog doba.
Nekoliko je ckrvenih redova imalo veliki utjecaj na gradnju na Gradecu u poslijeratnom 17. stoljeću – kapucini, isusovci i opatice klarise.
Uz brojne radove na tadašnjem Gradecu, i u vrijeme početka gradnje Crkve sv. Katarine, kapucini polažu temelj svog samostana i samostanske Crkve sv. Marije, smještenih na samom zapadnom rubu Gradeca, danas Gornjeg grada. Samostan je završen oko 1644 godine., a crkva smještena na mjestu nekadašnje srednjovjekovne Marijine kapele, završena oko 1650. godine. Nekadašnju Marijinu kapelu su koristili i kapucini od kad su 1618. godine došli u Zagreb, no onda kreću u izgradnju svog samostana i crkve.
U izgradnji samostana i crkve pomogao im je i Hrvatski sabor, a priloge su davali i građani te plemstvo. Zanimljivo je da je Grgur Tepečić, tadašnji vođa oporbe u borbi za gradsku upravu, kapucinima oporučno ostavio 80 rajnskih forinta i jedan cent ulja, a danas po njemu obližnje stepenice, koje spajaju Gornji grad i Mesničku ulicu, nose ime.
Na samom početku 18. stoljeća – točnije 1706. godine – oboje crkva i samostan stradavaju od požara, pa su tako vjernici financijski potpomagali kapucine dajući im priloge za popravak.
Crkva se gradila u gotičkom stilu, a srušena je kao i samostan na početku 19. stoljeća. Prilikom rušenja zgrada koje su se nakon samostana i crkve nalazile na tom mjestu, u zidu je pronađen kameni prozor koj je jedini sačuvani građevni ostatak te crkve.
Na prostoru istočno od samostana, 1639. godine remetski pavlini su sagradili svoju kuću gdje je stajala do buduće kuće obitelji Hellenbach. Danas se taj prostor naziva Parkom Bele IV, ili pak Vranicanijeva poljana – po ulici sa sjeverne strane parka.
Isusovci su još za vrijeme gradnje Crkve svete Katarine započeli s gradnjom Sjemeništa sv. Josipa, koji će kasnije postati Kraljevski plemićki konvikt – smješten na uglu današnje Habdelićeve i Kamenite ulice na Gornjem gradu.
Riječ je o zgradi jednostavnih oblika, a sagrađena je u periodu od 1628. i 1631. godine, na mjestu nekadašnje kuće Ivana Draškovića – kojeg ćemo kasnije upoznati kao bana Hrvatske. Grof Drašković je darovao 1627. godine svoje zemljište zato što je ono bilo namijenjeno za đake polaznike isusovačke gimnazije.
Izgradnja je bila financirana prihodima posebnog poreza kojeg su, po odredbi Hrvatskog sabora iz 1628. godine, morali plaćati plemići i velikaši. Taj su porez plaćali u tu svrhu i svi ostali zemaljski činovnici.
Zgrada je dovršena 1631. godine, a već 14 godina kasnije teško stradava u velikom požaru na Gradecu, a nije bila pošteđena niti onih požara 1706. i 1731. godine. Zbog teških oštećenja u požarima i česte potrebe za obnavljanjem i proširivanjem prostora, posebno za vrijeme 19. i 20. stoljeća, zgrada do danas nije sačuvana u svom izvornom obliku.
Jedan od crkvenih redova koji je gradio na Gradecu u 17. stoljeću bile su i opatice klarise. Opatice klarise su svoj samostan gradile na samoj sjevernoj strani nekadašnjeg Gradeca, u blizini Popovog tornja, a djelomično se nalazio na istočnom gradskom zidu.
Gradnja samostana je započela 1647. godine, a već tri godine kasnije dio je zgrade bio useljiv.
S južne strane samostana kasnije se izgradila i Crkva sv. Trojstva (u drugoj polovici 17. stoljeća), a bila je okrenuta u smjeru sjever-jug. Kao i u slučaju ostalih gradnji crkvenih redova u tadašnjem Gradecu, i izgradnja ovog samostana je djelomično bila financiranja od strane plemstva i građana. Svoj je doprinos dao i Hrvatski sabor tako što je donio odluku da su podložnici morali besplatno dovoziti građu i pomagati pri samoj gradnji crkve i samostana.
Naravno, kao i brojne građevine tadašnjeg Gradeca, samostan i crkva opatica klarisa su također stradavali u požarima, posebno 1674. godine kada su čak opatice morale preseliti se u župni dvor na Novoj vesi. Slično se ponavlja i 1706. godine kada je požar toliko oštetio samostan da se u njemu nekoliko godina nije moglo boraviti.
Velike promjene samostan je doživio krajem 18. i na početku 19. stoljeća kada je samostan trebalo preurediti u svjetovne svrhe, a danas se na tom mjestu nalazi Muzej grada Zagreba.